こちらと全く同じ現象が起こりました。setting.jsonでcsscomb.jsonが正しく読み込まれていないのが原因のようでした。
この部分を
"csscomb.preset": "csscomb",
下記のように修正
"csscomb.preset": "~/.vscode/csscomb.json",
するとうまく整形されました。
追記：コンパイル後のCSSに対して働けばいいのですが、Sassを使ってる時も走ってしまうようですね。それもエラーが出るので一旦アンインストールしておきます。下のリンク先の方と似た状況です。
CSSのソートについてはデイトラの実務編でGulpが出た時にまた考えたいと思います。
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